Imaginary dialogue between Venkatraman Ramakrishnan and Ada Yonath
by Charactorium · Ada Yonath (1939 — ?) · Sciences · 5 min read
C'est dans un bureau baigné de lumière de l'Institut Weizmann, à Rehovot, qu'un matin de l'automne 2009 Venkatraman Ramakrishnan vient retrouver Ada Yonath, quelques semaines à peine après l'annonce du Nobel qu'ils partagent avec Thomas Steitz. Sur la table, une maquette d'une sous-unité ribosomale et l'odeur tenace de l'azote liquide qui flotte encore depuis le couloir des chambres froides. Longtemps concurrents acharnés sur la même montagne — la structure du ribosome —, ils se dévisagent avec ce respect un peu rugueux des rivaux devenus complices. Venkatraman est venu la pousser dans ses retranchements méthodologiques, comme au temps où leurs équipes se disputaient les lignes de lumière.
—Ada, quand j'ai commencé le ribosome, on me disait déjà que tu poursuivais ça depuis vingt ans sous les moqueries. Comment tenait-on ?
Toi qui as connu le scepticisme des comités, tu imagines à peine ce que c'était en 1980, Venki. On m'appelait le Don Quichotte de la cristallographie, on parlait de science-fiction, de la folle du village. Cristalliser une machine aussi énorme, aussi instable, aussi dépourvue de symétrie interne : personne n'y croyait. Pendant près de vingt-cinq ans, j'ai avancé en essuyant des sourires en coin dans chaque congrès. Mais je savais une chose simple : si la cellule fabrique ces particules par milliers dans un ordre parfait, alors la nature les organise déjà. Il me suffisait d'apprendre à leur parler. Le premier cristal tridimensionnel de Bacillus stearothermophilus, diffractant au-delà de trois angströms et demi, a fait taire beaucoup de rires ce jour-là.
On parlait de science-fiction ; moi je savais que la nature les organisait déjà.
—Pourtant, entre ce premier cristal de 1980 et une vraie carte lisible, il s'est écoulé des années. N'as-tu jamais songé à abandonner ?
Jamais vraiment, même quand tout s'effondrait. Ces cristaux se dégradaient sous le faisceau en quelques secondes, ils ne se ressemblaient pas d'un échantillon à l'autre — ce que nous appelions le nonisomorphisme sévère — et le rayonnement les brûlait avant qu'on ait pu mesurer quoi que ce soit. Chaque manche gagnée ouvrait dix nouveaux obstacles. Mais vois-tu, j'avais grandi à Jérusalem en escaladant les meubles pour attraper les livres trop haut ; je me suis même cassé le bras une fois. On ne guérit pas de cette curiosité-là. Les premières cartes de densité électronique, entre 1984 et 1987, ont montré l'organisation interne de la particule. Ce jour-là, la communauté a compris que la montagne n'était pas infranchissable — et c'est alors, mon ami, que des gens comme toi sont arrivés.
Chaque manche gagnée ouvrait dix nouveaux obstacles.
—Parlons technique, puisque tu m'as toujours battu là-dessus. Cette idée de congeler les cristaux à l'azote liquide, d'où t'est-elle vraiment venue ?
Des ours polaires, figure-toi — et je sais que tu ne me crois qu'à moitié. Je lisais un article sur la manière dont ces animaux survivent à l'hibernation, comment leurs tissus résistent à l'immobilité et au froid extrême. J'ai pensé : si je gèle mes cristaux à moins cent quatre-vingt-seize degrés, dans l'azote liquide, peut-être ralentirai-je assez les dégâts du rayonnement pour mesurer une diffraction nette. La cryocristallographie était née de cette analogie presque naïve. Au début, on a haussé les épaules, encore une lubie. Aujourd'hui, toi comme moi le savons, plus aucun laboratoire de biologie structurale ne travaille autrement. Les meilleures idées viennent rarement du raisonnement pur : elles viennent de ce qu'on lit le soir en pensant à ses cristaux.
La cryocristallographie est née d'un article sur les ours polaires lu un soir.
—Nous avons tous deux misé sur des bactéries exotiques. Toi les extrémophiles, moi Thermus thermophilus. Pourquoi ce choix a-t-il tant compté ?
Parce que le cristal ne pardonne aucune fragilité, Venki. Un ribosome d'organisme ordinaire est mou, fluctuant, il refuse de s'aligner en réseau. J'ai donc cherché des micro-organismes vivant dans l'extrême : sources chaudes, mers très salées, milieux où la vie ne devrait pas tenir. Leurs ribosomes, façonnés pour endurer la chaleur ou le sel, sont bien plus robustes et se laissent ordonner. Bacillus stearothermophilus d'abord, puis Deinococcus radiodurans pour la grande sous-unité — cette bactérie qui survit à des radiations mortelles. La structure que nous en avons tirée en 2001, dans Cell, a révélé les sites où se fixent les antibiotiques. Choisir la bonne bactérie, c'était déjà résoudre la moitié du problème. Une astuce de biologiste autant que de chimiste — et tu as fait le même pari de ton côté.
Choisir la bonne bactérie, c'était déjà résoudre la moitié du problème.
—Ta structure de la petite sous-unité en 2000 a révélé le centre de décodage. Mesurais-tu déjà ce qu'elle dirait sur les antibiotiques ?
Pas dans toute son ampleur, mais l'intuition était là. Quand la structure de Schlünzen et al. est parue dans Cell, à trois angströms et trois dixièmes, nous avons vu pour la première fois, à l'échelle de l'atome, l'endroit précis où le ribosome lit le message génétique. Or c'est justement là, et sur la grande sous-unité, que se logent tant d'antibiotiques essentiels. Comprendre comment une molécule s'y accroche, c'est comprendre comment la soigner — et comment la bactérie s'en défend. Nos travaux jusqu'en 2009 ont montré comment les bactéries modifient leur propre ribosome pour résister, et comment concevoir des molécules capables de contourner cette résistance. Voir un mécanisme thérapeutique dans une carte de densité électronique, c'est le moment où la cristallographie cesse d'être abstraite. Elle sauve des vies.
Comprendre comment une molécule s'accroche au ribosome, c'est comprendre comment soigner.
—Nos deux équipes, avec celle de Steitz, avons publié presque simultanément en 2000. Cette rivalité t'a-t-elle aidée ou blessée, franchement ?
Franchement ? Les deux, et je ne le regrette pas une seconde. Vous êtes arrivés, toi et Tom, avec vos synchrotrons et votre fougue, à un moment où j'avais déjà défriché le terrain pendant vingt ans. Il y eut de l'amertume, je ne le cacherai pas — on n'aime pas voir d'autres courir sur le chemin qu'on a ouvert seule sous les moqueries. Mais la concurrence a précipité les découvertes ; elle nous a tous forcés à être plus rigoureux, plus rapides, plus honnêtes. Sans cette course à trois équipes, la structure du ribosome aurait mis dix ans de plus à devenir atomique. Aujourd'hui nous partageons la même récompense, et je préfère mille fois un rival exigeant comme toi à un désert de silence poli.
Je préfère mille fois un rival exigeant à un désert de silence poli.
—Et ce coup de fil de Stockholm, en octobre dernier ? On m'a dit que tu dormais encore quand il est arrivé.
Il était cinq heures et demie du matin en Israël, je dormais profondément. La sonnerie m'a tirée d'un rêve, et il m'a fallu un instant pour comprendre que c'était vrai. Première femme depuis Dorothy Hodgkin, en 1964 — quarante-cinq ans d'attente. On me demande sans cesse ce que j'ai ressenti, et je réponds toujours la même chose : la vraie récompense, ce fut la découverte elle-même, le jour où la densité électronique s'est enfin dessinée. Le Nobel, c'est la cerise sur le gâteau. Un honneur immense, oui, mais il arrive après la joie, pas avant. Toi qui l'as reçu le même jour, Venki, tu sais que ce n'est pas pour le prix qu'on passe trente ans à congeler des cristaux au petit matin.
La vraie récompense fut la découverte ; le Nobel n'est que la cerise sur le gâteau.
—En décembre, tu monteras à la tribune de Stockholm pour la conférence Nobel. Que veux-tu que le monde retienne de ces trente années ?
Je veux raconter le chemin, pas seulement le sommet. Ma conférence s'intitulera From the evolution of ribosome crystallography to the elucidation of the ribosome function : de l'évolution de la cristallographie du ribosome jusqu'à la compréhension de sa fonction. Je tiens à ce que les jeunes chercheurs entendent qu'au départ, la tâche paraissait tout bonnement impossible, et que l'impossible n'est souvent qu'un manque de patience. Le ribosome nous a appris que c'est l'ARN, et non les protéines, qui catalyse la formation des liaisons entre acides aminés — une révélation sur l'origine même de la vie. Si un seul étudiant sort de cette salle en se disant qu'il peut s'attaquer à ce que tous jugent hors de portée, alors ces trente années auront porté un fruit plus grand encore que la structure elle-même.
L'impossible n'est souvent qu'un manque de patience.
This imaginary interview was generated by artificial intelligence from sources documented in Ada Yonath's profile. It dramatises what the figure might have said based on what we know about them, but does not constitute attested historical testimony. For primary sources and factual documentation, refer to the full profile.